其原名是“南安普顿圣玛丽英国国教青年会”英超球队外号，简称“圣玛丽青年会”。球队的成立与教会有着密切的关系，其创始人是南安普顿圣玛丽教堂的副牧师亚瑟·索尔，所以确切地说，南安普顿最初是一支教会球队。

他们成立之初被称为“圣徒”，1897年球队正式改名为“南安普顿”，但球队的绰号仍然保留下来，并流传至今。虽然绰号看似与上帝息息相关，但南安普顿其实是英国唯一一个没有大教堂的可以被称为“城市”的地方。

在俱乐部悠久的历史中，他们并没有获得过多少值得大书特书的荣誉英超球队外号，只夺得过一次足总杯，那是在上世纪 70 年代。经过 100 多年的使用，主场山谷球场最终于 2001 年搬迁至可容纳 32551 名观众的圣玛丽球场。

圣玛丽球场见证了南安普顿的最低谷。21世纪的第一个十年，南安普顿过得相当艰难，他们多年来一直扮演着英超“保级英雄”的角色，虽然每年都危险重重，但总能在最后时刻成功保级，看来老天真的眷顾暗处的“圣徒”。

然而在2003/04赛季，南安普顿的运气耗尽，最终被踢出顶级联赛并降级，球队也在2008/09赛季后从英冠降级至英甲，这对于这支培养了希勒、克劳奇、勒蒂西埃等多位著名球员的球队来说无疑是一场灾难。

直到两年后的2010/11赛季，他们才以当赛季英甲联赛亚军的战绩重返英冠。次年他们延续强劲势头，继续位居联赛积分榜榜首。2012年4月28日，2011/12赛季英冠最后一轮，升班马南安普顿主场4比0战胜提前降级的考文垂，最终以高出西汉姆联2分的纪录获得直接晋级英超的资格，完成三级跳。这也是南安普顿自2004/05赛季以来首次重返英超。

随着俱乐部成绩的回暖，他们也一直秉承着培养和发掘年轻球员的传统，沃尔科特、贝尔、马内、范戴克等人在南安普顿效力期间便脱颖而出，并凭借出色的表现被顶级俱乐部看中，选择高价转会。

2017年8月14日，南安普顿足球俱乐部成为第二家被资本绝对控股的英超俱乐部，直到2022年1月，俱乐部才再次宣布转让，集团取得所有权。

南安普顿近两个赛季一直在积分榜中下游徘徊英超球队外号，虽然球队防守存在相当大的漏洞，但在主教练哈特胡森的调教下，他们的进攻表现相比之前有了明显提升，保级压力减轻了不少。

俱乐部希望这位正处于执教生涯黄金时期的奥地利人能给球队带来一些不一样的东西，虽然冠军奖杯还很遥远，但在英超联赛中搅局也是不错的结果。